Показать в JavaScript alert без остановки таймера

Вообще, использовать стандартный JavaScript alert даже для отладки - плохая идея. Для сообщений есть отличные окошки из Bootstrap JS или jQueryUI, для отладочной информации - console.log.

Но иногда нужно написать окошко очень-очень быстро. Например, сдать бета-версию приложения, а окошко потом переделать.

В браузерах, основанных на WebKit (Chrome, Safari, JavaFX WebEngine) открытый alert считается чрезвычайным событием и останавливает все таймеры своей нити. Поэтому показывать его надо в отдельной нити, вот так:

function showMessage(text){
  setTimeout(function() { alert(text); }, 1);
}